최후의 지하인간 엑스 진, X-Gene

2039년 인류에게 치명적인 독인 엑스-코어(X-Core)가 공기 중에 퍼지면서 삽시간에 수많은 사람이 감염된다.
감염된 사람들은 고통에 시달리며 죽거나 아니면 흉측한 돌연변이로 변모하고 만다.
다급해진 세계 정부는 독이 자외선에 약하다는 사실에 오존층을 파괴하기로 결정한다.
오존층이 파괴된 세상은 자외선 천지가 되어 황폐해지고 독은 사그라들었다가 다시 살아나기를 반복한다.
인류 전멸이라는 대재앙 속에서 겨우 살아남은 사람들은 하늘, 바다, 지하에 흩어져 살게 된다.

50년 후 안정을 찾아가는 세상에 정체를 알 수 없는 세력이 다시 음모를 꾸미기 시작하고 폭풍전야의 위기 속, 지하 굴에서 힘들게 살아가던 대웅과 정아에게도 위기가 닥친다.
대웅과 정아는 한 치 앞도 분간할 수 없는 절체절명의 위기 속에서 자기의 사명을 각성하고 마지막으로 남은 인류를 구하기 위해 분연히 나선다.